A Fogadalmi templom büszkélkedhet Magyarország legnagyobb orgonájával. Az egyedülálló módon 5 manuálos, 9040 síppal és 130 regiszterrel rendelkező 50 tonnás hangszer 1928–1930 között épült a neves pécsi Angster József és Fia Orgonagyárban, és a gyár történetének legjelentősebb darabjának számít. A sípok anyaga cink, a legkisebb mérete körülbelül 1 centiméter, míg a legnagyobb meghaladja az 5 métert. A teljes szerkezet, valamit a sípok túlnyomó többsége a templom karzatán helyezkedik el, ezen kívül tartozik hozzá egy úgynevezett „távmű,” amely a kupolában kapott helyet.Az elkészültekor 99 regiszteres hangszer a passaui székesegyház és a milánói dóm után egész Európa harmadik legnagyobb templomi orgonájának számított. A diszpozícióját Geyer József, korának legnevesebb organológusa tervezte, így a hangszerre néha Geyer–Angster-orgonaként hivatkoznak. Elkészítése Klebelsbergnek is szívügye volt, emiatt számtalan orgonákkal és orgonaépítéssel kapcsolatos szakirodalmat szerzett be, hogy a téma szakértőjévé képezhesse magát, és tudását hasznosíthassa a tervezésnél.

2002-ig az 1930-ban gyártott eredeti játszóasztal maradt használatban, a modernizációs program keretében ezt egy elektronikus játszóasztallal cserélték le, melyet az Angster-gyár szellemi örökösének tekinthető Pécsi Orgonaépítő Manufaktúra Kft. épített. Ennek köszönhetően a korábbi 3 helyett immár 1000 hangszín-kombináció tárolása lett lehetséges. A régi játszóasztal az altemplomban került kiállításra, és a Dóm Látogatóközpontjának egyik látványossága lett.2003-2004-ben pedig a korábbi elhanyagoltságot pótolva kicserélték 4674 bőrszelepet, melyhez 30 négyzetméternyi gidabőrre volt szükség. Ekkor készült el az új, modern elektronikus vezérlés, a villámvédelem, illetve az elektromos jelfogók is cserélve lettek. A munkálatok összesen másfél évig tartottak.

A székesegyház rendelkezik egy karorgonával is, ez 1931-ben készült, kétmanuálos és 25 hangzó regiszteres, a pedálja pedig basszus-diszkantra osztott. Játszóasztala a négyezetben a főhajó felőli jobb kupolapillér előtt áll. Sípjai a szentély két oldalán helyezkednek el. Általában a hétköznapi szentmiséket, illetve kórusokat kísérik vele. Különlegessége, hogy a karzaton lévő ötmanuálos játszóasztalról is megszólaltatható 1932 óta, ezzel tovább növelve a fő hangszer méretét.

Érdekesség

A dóm főorgonája 1928-30 között épült a pécsi Angster József és Fia Orgonagyárban, majd rá egy évre készült el a karorgona, melynek sípjai a szentély két oldalán helyezkednek el. 1932-re megoldották, hogy a karorgona a karzaton elhelyezett játszóasztaltól is megszólaltatható legyen, az így elkészült, 9040 síppal rendelkező hangszer lett több évtizeden át Magyarország legnagyobb orgonája, illetve elkészültekor egész Európában is a harmadik legnagyobb volt

A Szegedi Dóm orgonájának állapota arra kötelezi a tulajdonost, hogy kezdjen komolyan foglalkozni a halaszthatatlanná váló karbantartással, felújítással.